Comparative Genomics

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This page provides a summary of the Ensembl phylogenetic analysis of protein families. The following views are available:

Overview
Gene tree coverage and Gene QC for each species
Size of gene trees (split by their root taxon)
Gene tree nodes, and the inference of speciation / duplication events

Statistics about the gene tree nodes

Species	# Nodes	# speciation nodes	# duplication nodes	# dubious nodes	Average duplication confidence score	Average duplication confidence score (non-dubious nodes)
Opisthokonta	3951	3313	512	126	23.3 %	29.1 %
Ascomycete fungi (Ascomycota)	2645	2502	143	0	72.0 %	72.0 %
Animals (Metazoa)	15316	8373	4216	2727	10.7 %	17.6 %
Eumetazoa	23468	14074	5297	4097	9.2 %	16.4 %
Eumetazoa	3932	3818	114	0	62.3 %	62.3 %
Bilateria	18693	13609	2493	2591	7.5 %	15.2 %
Protostomia	16661	12035	2773	1853	9.9 %	16.5 %
Protostomia	10663	7850	1512	1301	7.1 %	13.2 %
Arthropods (Arthropoda)	3479	3361	118	0	65.3 %	65.3 %
Protostomia	22167	13173	4868	4126	6.0 %	11.2 %
Flatworms (Platyhelminthes)	10714	8067	1219	1428	11.5 %	25.0 %
Flatworms (Platyhelminthes)	17177	13467	1700	2010	7.7 %	16.8 %
Flatworms (Platyhelminthes)	8337	7595	428	314	9.6 %	16.7 %
Monogenea	1708	1666	39	3	42.5 %	45.7 %
Gyrodactylus	6036	5719	317	0	69.9 %	69.9 %
Flukes (Digenea)	12165	10735	789	641	12.7 %	22.9 %
Flukes (Digenea)	16004	12165	1023	2816	6.8 %	25.6 %
Plagiorchiida	3697	3640	51	6	36.7 %	41.0 %
Echinostomatoidea	19062	17878	1152	32	42.9 %	44.1 %
Fasciola	9681	8990	591	100	51.6 %	60.3 %
Liver fluke (Fasciola hepatica)	7243	7071	172	0	68.3 %	68.3 %
Flukes (Digenea)	4843	4691	68	84	16.1 %	36.0 %
Flukes (Digenea)	6433	6345	85	3	46.1 %	47.7 %
Opisthorchiidae	11271	9822	1153	296	57.2 %	71.9 %
Opisthorchis	7397	7297	100	0	59.5 %	59.5 %
Blood flukes (Schistosomatidae)	10853	9823	779	251	24.3 %	32.2 %
Schistosoma	8038	7793	187	58	23.1 %	30.3 %
Schistosoma	8178	7927	198	53	25.9 %	32.9 %
Schistosoma	9522	9010	292	220	18.5 %	32.4 %
Schistosoma	8255	8022	233	0	77.3 %	77.3 %
Schistosoma	14740	9851	672	4217	4.1 %	30.0 %
Schistosoma	3386	3381	5	0	60.0 %	60.0 %
Schistosoma	9979	8545	576	858	13.7 %	34.1 %
Schistosoma	9755	8494	283	978	9.7 %	43.1 %
Schistosoma	7868	7112	174	582	11.7 %	50.6 %
Schistosoma	7761	7432	88	241	16.4 %	61.4 %
Schistosoma	6590	6559	31	0	66.1 %	66.1 %
Blood flukes (Schistosomatidae)	7839	7627	209	3	48.9 %	49.6 %
Trichobilharzia	9500	8788	712	0	76.8 %	76.8 %
Eucestoda	10977	9972	820	185	21.8 %	26.7 %
Diphyllobothriidae	13408	11357	1845	206	53.4 %	59.4 %
Diphyllobothriidae	8017	7283	734	0	70.1 %	70.1 %
Cyclophyllidea	8672	7864	432	376	15.6 %	29.2 %
Cyclophyllidea	9244	8858	325	61	24.3 %	28.9 %
Taeniidae	11021	9983	698	340	22.4 %	33.3 %
Echinococcus	4104	3853	95	156	16.7 %	44.2 %
Echinococcus	10269	9453	301	515	17.9 %	48.5 %
Echinococcus	9112	8777	140	195	24.2 %	57.9 %
Echinococcus granulosus	6412	6359	53	0	61.3 %	61.3 %
Taeniidae	7483	7227	229	27	38.5 %	43.1 %
Taenia	9311	8427	796	88	50.0 %	55.6 %
Taenia	7669	6752	869	48	60.5 %	63.8 %
Taenia	11372	10025	1347	0	77.5 %	77.5 %
Hymenolepididae	8402	7883	507	12	60.8 %	62.2 %
Hymenolepididae	7248	7021	227	0	61.0 %	61.0 %
Rhabditophora	2858	2793	65	0	58.5 %	58.5 %
Nematodes (Nematoda)	16013	11368	2788	1857	6.9 %	11.4 %
Dorylaimia	5043	4735	261	47	19.0 %	22.4 %
Dorylaimia	4738	4503	208	27	30.6 %	34.6 %
Trichinellida	6708	6238	431	39	33.9 %	36.9 %
Trichinella	11353	9808	1147	398	27.7 %	37.4 %
Trichinella	17217	13420	2160	1637	19.0 %	33.3 %
Trichinella	5643	5525	118	0	60.6 %	60.6 %
Trichinella	13458	11071	1485	902	23.9 %	38.4 %
Trichinella	17280	14066	1375	1839	16.3 %	38.1 %
Trichinella	14594	12683	764	1147	19.4 %	48.4 %
Trichinella	6962	6770	192	0	64.3 %	64.3 %
Trichinella	6184	6102	82	0	66.5 %	66.5 %
Trichinella	7432	7246	186	0	64.0 %	64.0 %
Trichinella	6972	6726	224	22	58.3 %	64.1 %
Trichinella	8215	7554	661	0	78.7 %	78.7 %
Trichuris	8355	7504	841	10	69.2 %	70.1 %
Trichuris	6705	6372	333	0	67.1 %	67.1 %
Chromadorea	17012	10918	3554	2540	7.2 %	12.3 %
Chromadorea	40167	25988	6342	7837	5.0 %	11.1 %
Spirurina	10845	9104	644	1097	7.0 %	18.9 %
Spirurina	16089	14344	735	1010	8.0 %	19.1 %
Spirurina	16913	8623	1226	7064	2.1 %	14.2 %
Spirurina	2640	2579	35	26	16.6 %	29.0 %
Spiruromorpha	8748	7916	515	317	14.9 %	24.0 %
Spiruromorpha	5936	5690	116	130	9.2 %	19.4 %
Onchocercidae	14644	12783	665	1196	7.1 %	19.7 %
Onchocercidae	8010	7920	83	7	42.5 %	46.1 %
Onchocerca	6154	6035	108	11	56.3 %	62.0 %
Onchocerca	8887	8671	216	0	67.6 %	67.6 %
Onchocercidae	12987	12015	320	652	7.8 %	23.6 %
Onchocercidae	8368	8017	107	244	10.1 %	33.1 %
Onchocercidae	7346	7163	68	115	15.8 %	42.4 %
Onchocercidae	6442	6426	16	0	62.5 %	62.5 %
Onchocercidae	7715	7636	72	7	33.0 %	36.2 %
Onchocercidae	9109	8831	236	42	37.6 %	44.2 %
Brugia	10519	9887	497	135	44.2 %	56.2 %
Brugia	6847	6743	104	0	51.9 %	51.9 %
Ascaridoidea	10874	9959	795	120	39.3 %	45.3 %
Ascaridoidea	12090	11475	580	35	45.0 %	47.7 %
Ascarididae	12857	12155	608	94	42.1 %	48.6 %
Ascaris	11223	10764	459	0	67.1 %	67.1 %
Parascaris	3564	3489	75	0	58.0 %	58.0 %
Oxyuridae	7502	7227	275	0	68.4 %	68.4 %
Chromadorea	35382	25402	4322	5658	7.3 %	16.9 %
Tylenchina	13387	11940	669	778	10.4 %	22.6 %
Steinernema	18318	14314	2988	1016	38.7 %	51.9 %
Steinernema	14660	13633	904	123	43.9 %	49.8 %
Steinernema	11790	11231	559	0	67.9 %	67.9 %
Steinernema	15624	14128	1496	0	76.5 %	76.5 %
Tylenchina	8611	7366	321	924	4.5 %	17.6 %
Tylenchina	18027	15310	967	1750	7.0 %	19.8 %
Tylenchina	6860	6441	325	94	26.3 %	33.9 %
Panagrolaimidae	20352	14208	1125	5019	6.3 %	34.6 %
Panagrolaimidae	11150	10697	453	0	70.9 %	70.9 %
Panagrolaimus	5747	5542	189	16	36.6 %	39.7 %
Panagrolaimus	21032	16700	4149	183	55.2 %	57.6 %
Panagrolaimus	10709	10005	704	0	65.6 %	65.6 %
Panagrolaimus	14144	11203	2941	0	72.5 %	72.5 %
Tylenchomorpha	8189	7781	217	191	11.8 %	22.2 %
Aphelenchoididae	8711	8208	450	53	47.8 %	53.4 %
Aphelenchoides	7187	6773	386	28	57.0 %	61.1 %
Aphelenchoides	5914	5700	214	0	73.4 %	73.4 %
Pine wood nematodes (Bursaphelenchus)	11554	10580	973	1	78.8 %	78.9 %
Pine wood nematode (Bursaphelenchus xylophilus)	16549	14507	2042	0	90.6 %	90.6 %
Tylenchomorpha	7603	7245	294	64	20.5 %	25.0 %
Ditylenchus	6814	6358	456	0	69.6 %	69.6 %
Tylenchoidea	10256	9564	617	75	31.2 %	35.0 %
Heteroderinae	11597	10394	1169	34	55.9 %	57.5 %
Heterodera	14690	11356	3334	0	77.6 %	77.6 %
Globodera	11419	9882	1479	58	62.2 %	64.7 %
Globodera pallida	10956	8752	2204	0	73.5 %	73.5 %
Meloidogyne	11167	8102	1294	1771	16.7 %	39.6 %
Meloidogyne	7324	6755	519	50	33.4 %	36.7 %
Meloidogyne	12295	10582	1643	70	43.9 %	45.8 %
Meloidogyne	29841	18783	10630	428	49.1 %	51.1 %
Meloidogyne	54684	33196	20547	941	56.2 %	58.8 %
Meloidogyne	6187	5790	397	0	55.5 %	55.5 %
Meloidogyne incognita group	18641	15607	3034	0	64.9 %	64.9 %
Strongyloidoidea	7832	7348	475	9	61.5 %	62.7 %
Strongyloididae	11317	10167	1127	23	62.3 %	63.6 %
Strongyloides	11994	11299	658	37	59.8 %	63.1 %
Strongyloides	13512	12019	1493	0	80.5 %	80.5 %
Strongyloides	10087	9947	140	0	72.9 %	72.9 %
Chromadorea	18902	14247	1695	2960	6.4 %	17.5 %
Diplogasteroidea	12198	10805	1186	207	38.0 %	44.6 %
Diplogasteroidea	13032	11824	1091	117	36.4 %	40.3 %
Pristionchus	18901	15480	2983	438	38.8 %	44.5 %
Pristionchus	23032	18146	3794	1092	34.4 %	44.3 %
Pristionchus	17501	15835	1517	149	40.8 %	44.8 %
Pristionchus	21468	18029	2966	473	43.3 %	50.2 %
Pristionchus	22024	19732	2104	188	47.9 %	52.2 %
Pristionchus	26118	22534	3137	447	52.3 %	59.8 %
Pristionchus	15157	14702	455	0	65.2 %	65.2 %
Chromadorea	26303	19868	1961	4474	4.3 %	14.0 %
Strongylida	8772	7821	615	336	12.3 %	19.0 %
Strongylida	22447	16882	2925	2640	10.3 %	19.7 %
Strongylida	28113	23582	2988	1543	18.6 %	28.2 %
Strongylida	25809	21563	2675	1571	22.0 %	34.8 %
Ancylostoma	16450	14379	1996	75	62.0 %	64.3 %
Ancylostoma	12060	11016	1044	0	70.1 %	70.1 %
Strongylida	7559	7384	132	43	33.1 %	43.9 %
Strongyloidea	7960	7561	365	34	49.0 %	53.6 %
Strongylidae	4317	4123	194	0	61.6 %	61.6 %
Trichostrongyloidea	14205	13423	490	292	24.5 %	39.1 %
Trichostrongyloidea	7635	7491	144	0	61.5 %	61.5 %
Haemonchidae	8447	7990	448	9	58.4 %	59.5 %
Haemonchus	12466	10940	1526	0	76.3 %	76.3 %
Strongylida	7718	7604	110	4	47.0 %	48.7 %
Angiostrongylus	7122	6591	454	77	54.9 %	64.2 %
Angiostrongylus	7746	7494	252	0	67.9 %	67.9 %
Rhabditidae	5267	4833	121	313	8.3 %	29.9 %
Rhabditidae	8409	7882	191	336	10.2 %	28.2 %
Rhabditidae	8626	8200	257	169	17.1 %	28.4 %
Caenorhabditis	11427	9603	611	1213	8.9 %	26.4 %
Caenorhabditis	8605	8182	267	156	17.7 %	28.0 %
Caenorhabditis	12076	10260	766	1050	11.7 %	27.7 %
Caenorhabditis	15153	13387	1054	712	18.2 %	30.5 %
Caenorhabditis	9566	8894	672	0	70.5 %	70.5 %
Caenorhabditis	11643	10699	686	258	26.4 %	36.4 %
Caenorhabditis	26450	19423	3763	3264	16.6 %	31.0 %
Caenorhabditis	11805	10994	287	524	12.5 %	35.3 %
Caenorhabditis	12136	11757	285	94	39.8 %	53.0 %
Caenorhabditis	16895	15226	1280	389	47.7 %	62.2 %
Caenorhabditis	13300	13020	280	0	65.4 %	65.4 %
Caenorhabditis	21233	16783	1759	2691	15.2 %	38.4 %
Caenorhabditis	21869	18424	1844	1601	19.1 %	35.8 %
Caenorhabditis	17721	16498	926	297	31.8 %	42.0 %
Caenorhabditis	17676	16775	759	142	41.9 %	49.8 %
Caenorhabditis	18718	16910	1808	0	73.8 %	73.8 %
Caenorhabditis	19089	17273	1323	493	40.9 %	56.2 %
Caenorhabditis	14682	14582	100	0	61.5 %	61.5 %
Caenorhabditis	21739	18394	3241	104	67.5 %	69.7 %
Caenorhabditis remanei	23654	20324	3330	0	73.9 %	73.9 %
Caenorhabditis	10512	10249	263	0	66.7 %	66.7 %
Caenorhabditis	9747	9694	53	0	61.3 %	61.3 %
Diploscapter	26415	17417	8998	0	89.3 %	89.3 %
Oscheius tipulae	14581	12594	1987	0	87.6 %	87.6 %
Lophotrochozoa	7354	6937	417	0	66.7 %	66.7 %
Chordates (Chordata)	3599	3487	107	5	55.1 %	57.7 %
Bony vertebrates (Euteleostomi)	15132	12909	2218	5	75.2 %	75.4 %
Euarchontoglires	18397	17283	1110	4	81.5 %	81.8 %
Murinae	20095	18503	1592	0	84.7 %	84.7 %

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Statistics about the gene tree nodes

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