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# Study ERP001236: Globodera pallida transcriptomics
# Submitted to archives by Wellcome Sanger Institute
# Reads aligned with HISAT2 and quantified with HTSeq2, by Ensembl Metazoa RNA-Seq pipeline
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# Differential expression analysis, comparing pairs of conditions differing by developmental stage
# !Data quality warning: all contrasts based on conditions with low (2) replicates
# Using R version 4.1.3, DESeq2 version 1.34.0
# Values are base 2 logarithm of maximum likelihood estimate of fold change and adjusted p-value by Wald test per gene for each contrast
# Values rounded to 2.s.f., filtered past a significance threshold of adj_pval < 0.05 and abs(log2fc) > 0.5
gene_id	(low QC) 14 dpi vs J2		(low QC) 21 dpi vs J2		(low QC) 28 dpi vs J2		(low QC) 35 dpi vs J2		(low QC) Adult male vs J2		(low QC) J2 vs egg	
5-HT7	-2.10	1.1e-03	-2.50	2.8e-04	-2.80	6.4e-05	-2.50	2.6e-04	2.00	2.9e-03	0
AARS2_1	1.10	4.4e-02	1.40	3.6e-03	1.30	9.7e-03	0	0	0
AAT-7	0	0	-1.40	3.2e-02	0	-1.60	9.7e-03	2.20	5.1e-04
ABCB1	0.98	1.7e-02	1.70	5.4e-06	1.10	6.5e-03	1.20	3.3e-03	0	0
ABCC1_2	-1.60	9.5e-03	0	-1.30	3.8e-02	0	-1.40	3.3e-02	1.80	8.7e-03
ABCC5	0	1.40	1.6e-02	2.00	2.9e-04	2.10	1.3e-04	0	0
ABCE1_2	0.94	1.6e-02	1.10	3.5e-03	0.87	2.6e-02	1.00	7.5e-03	0	0
ABCF1	0	0	0	0	-1.20	1.8e-02	0
ABHD5	0	0	0	0	-0.76	3.7e-02	0
ABTS-3	-4.50	2.3e-14	-4.80	3.9e-15	-4.40	4.7e-13	-4.40	4.1e-13	0	0
ACE1	-1.70	6.5e-04	-2.10	7.9e-05	0	0	0	0
ACIN1	0	0	0	0	-1.40	2.1e-02	0
ACO2	-1.10	2.7e-02	0	0	0	0	1.50	4.5e-03
ACR-17	-3.50	1.3e-07	-2.40	8.5e-04	-3.60	2.5e-06	-2.70	1.5e-04	0	0
ACR-3	-3.40	3.0e-07	-4.80	3.2e-12	-4.20	1.2e-09	-4.10	1.5e-09	0	0
ACR-5	-3.90	1.4e-15	-4.10	9.7e-15	-4.40	3.3e-16	-3.80	3.1e-13	-1.30	1.6e-02	0
ACR16	-4.10	5.4e-15	-4.80	3.1e-13	-4.40	2.7e-12	-4.60	3.3e-13	0	0
ACS1	-3.30	1.2e-09	0	-1.60	7.7e-03	-1.80	2.2e-03	-1.60	7.1e-03	0
ACT1_1	0	0	0	0	0	3.10	5.5e-03
ACT4_2	0	1.30	2.8e-02	0	0	3.20	2.2e-10	0
ADK2	1.20	1.5e-02	0	0	0	1.60	7.3e-04	0
AEXR-1_1	-1.30	2.8e-02	-1.60	8.7e-03	-2.20	1.3e-04	-2.20	1.4e-04	0	0
AEXR-1_3	0	-2.30	4.1e-02	0	0	0	0
AFG3	0	2.10	1.7e-02	3.10	2.0e-04	3.00	2.7e-04	2.50	3.6e-03	0
AGL-1_1	1.30	2.4e-02	2.10	2.0e-04	1.70	3.3e-03	1.60	4.2e-03	0	0
AGL-1_2	0	0.97	1.9e-02	0	0	0	0
AGTPBP1	0	1.20	3.0e-02	1.50	7.5e-03	1.30	1.7e-02	1.60	4.8e-03	0
AHO3	0.66	4.8e-02	0.68	4.1e-02	1.10	6.9e-04	0.94	2.6e-03	2.60	1.5e-19	0
AKAP7	3.60	2.3e-12	0	2.00	2.9e-04	0	1.50	9.1e-03	-1.50	1.8e-02
ALDO2_1	0	0	0	0	0	1.20	2.9e-03
ALDO2_2	0	0	0	0	2.20	3.0e-06	0
ALH9	0	1.00	7.4e-04	0	0	-1.80	3.3e-10	0
AP1M1_2	0	1.00	2.4e-02	0	0	0	0
ARL1	1.20	1.2e-03	1.00	1.1e-02	0	0.88	2.8e-02	0	0
ARX2	0	0	0.80	4.8e-02	0.93	2.0e-02	0	0
ARX6	0	0	0	0	1.30	4.5e-02	0
ASD2	4.20	1.3e-16	5.60	5.1e-28	6.20	1.1e-34	6.20	2.2e-34	4.60	7.1e-20	0
ASIC-1_1	-3.50	5.4e-07	-4.80	2.0e-04	-4.40	1.4e-04	-6.00	1.8e-04	-2.00	7.3e-03	0
ASIC-1_2	-4.30	3.2e-09	-5.30	3.0e-05	-7.80	4.8e-06	-6.60	4.2e-05	0	0
ATAD3	0	0	0	0	-2.00	1.2e-03	0
ATAD5	0	0	1.40	3.2e-04	1.20	2.7e-03	0	0
ATG6_1	0	0	0	0	-1.10	1.2e-04	0
ATHP-2	0	0	1.20	3.4e-02	0	0	0
AWAT1	3.90	4.8e-07	0	0	0	4.70	1.2e-09	0
B3GALT2_2	2.90	1.4e-03	4.10	2.4e-06	4.00	4.1e-06	4.50	2.9e-07	2.90	1.7e-03	0
B3GALT2_3	0	4.80	3.1e-06	4.00	1.6e-04	3.90	2.1e-04	7.40	3.4e-14	0
B3GALT5	-5.20	4.6e-13	-4.10	2.9e-07	-3.10	5.1e-05	-3.60	2.9e-06	-2.30	2.8e-03	2.00	1.9e-02
BATH-40	1.00	3.2e-04	0.97	7.7e-04	1.20	3.0e-05	1.30	6.7e-06	3.10	4.3e-31	0
BATH-42	0	0	0	0.84	2.1e-02	0	0
BBOX1	0	-1.10	1.7e-03	-0.93	1.1e-02	-1.20	6.8e-04	0	0
BCAT1	2.50	6.3e-07	2.00	1.4e-04	1.70	1.8e-03	2.00	1.1e-04	2.50	1.9e-06	2.10	2.7e-04
BIRC5	0	0	-2.40	2.4e-02	-2.50	2.1e-02	0	0
BLI3_1	2.80	9.0e-06	2.90	7.0e-06	3.50	3.9e-08	3.40	4.3e-08	3.00	3.7e-06	0
BNC1	-2.60	3.0e-10	-1.60	1.8e-04	-1.30	2.5e-03	-1.20	5.6e-03	0	0
BRIX1	0	0	0	0	-1.30	1.4e-03	0
BTBD1_10	0	1.70	2.4e-02	0	0	-3.90	8.1e-04	0
BTBD1_14	0	0	0	0	-2.80	1.7e-02	0
BTBD1_15	-7.80	3.6e-09	-9.40	1.7e-06	-7.90	1.5e-05	-6.30	1.8e-05	-7.10	2.6e-07	5.80	1.8e-05
BTBD1_27	0	0	0	0	-4.30	3.7e-02	0
BTBD1_28	-7.50	3.1e-23	-8.80	2.6e-08	-5.50	3.3e-11	-8.00	3.1e-10	-10.00	2.5e-10	6.60	6.2e-17
BTBD1_29	-5.60	1.5e-13	-5.60	1.3e-08	-5.20	2.1e-08	-5.70	4.0e-09	-4.40	1.1e-08	3.40	2.1e-05
BTBD1_30	-4.70	2.8e-13	-3.70	5.3e-08	-4.40	5.9e-10	-4.20	1.3e-09	-8.50	3.1e-18	5.70	2.4e-16
BTBD1_6	-1.30	4.4e-02	-1.50	3.0e-02	0	0	0	0
BTBD1_8	0	0	0	0	1.60	4.8e-04	0
BTBD1_9	0	0	0	0	-3.80	1.3e-02	-2.80	8.4e-03
BTBD2_5	0	0	2.70	4.1e-04	2.10	6.4e-03	-2.20	1.1e-02	0
BTBD2_6	-3.20	4.8e-07	-4.40	7.5e-05	-3.50	1.2e-04	-1.90	1.1e-02	-3.30	2.3e-06	0
BTBD3_22	-4.60	1.3e-09	-8.30	1.4e-06	-6.90	1.1e-05	-6.10	4.2e-06	-5.20	2.2e-09	5.80	2.7e-09
BTBD3_3	-5.10	4.7e-07	-7.50	4.0e-05	-6.20	3.1e-04	-6.30	3.2e-04	-5.60	3.1e-06	4.40	9.2e-05
BTBD3_30	-7.10	1.9e-19	-8.20	3.0e-07	-9.60	1.4e-08	-5.00	1.9e-09	-9.70	3.7e-09	6.00	1.4e-13
BTBD3_4	-6.40	4.5e-15	-7.70	2.1e-06	-9.10	1.1e-07	-7.90	1.0e-06	-6.00	7.5e-12	6.60	9.9e-12
BTBD3_8	-6.00	5.9e-05	-5.60	6.5e-03	-7.00	8.1e-04	-7.20	5.6e-04	0	3.40	4.8e-02
BTBD3_9	0	0	0	0	-4.20	2.4e-03	0
BTBD6_4	0	0	3.70	1.9e-03	0	0	0
BUS-19	4.60	1.5e-26	2.70	1.9e-09	3.70	5.4e-17	3.80	1.4e-17	4.10	8.7e-21	0
CADM3	1.30	4.6e-02	0	1.40	1.9e-02	1.30	3.1e-02	0	0
CAP1	1.40	2.5e-02	1.50	2.6e-02	0	1.90	2.2e-03	0	0
CAPN7	0	0	0.64	3.5e-02	0.81	6.0e-03	0	0
CBN-1_1	4.60	8.8e-06	0	0	0	3.60	7.6e-04	0
CBP-1_4	0	0	0	0	-1.50	9.8e-03	0
CCM2_1	-1.60	2.8e-05	0	0	0	0	0
CCNE1	2.50	4.5e-08	2.80	5.4e-10	3.40	3.5e-14	3.50	3.2e-15	2.40	1.5e-07	0
CCT2	1.00	4.9e-02	0	0	0	0	0
CCT4	0	0	0	0	-0.98	2.1e-02	0
CCT5	0	1.10	4.0e-02	0	0	0	0
CDC6	1.20	2.2e-04	1.50	3.0e-06	1.90	5.0e-10	2.10	8.9e-12	0	-1.00	5.7e-03
CDH-10_1	3.90	9.9e-05	0	0	0	2.70	1.2e-02	0
CDH-10_2	-1.20	1.2e-02	-3.10	5.8e-08	-3.80	2.7e-09	-3.80	7.1e-10	0	0
CDH-10_3	2.50	9.9e-03	0	0	0	0	0
CDH-1_3	-2.20	4.5e-04	-3.30	2.4e-07	-3.90	2.5e-09	-2.60	7.6e-05	0	0
CDK12_1	0	0	0.75	3.9e-02	0	0	0
CDKL1	-2.40	3.9e-09	-2.50	2.9e-07	-1.40	2.6e-03	-1.30	6.0e-03	-0.95	4.2e-02	0
CED-3_5	2.10	2.9e-03	0	0	0	0	2.00	3.2e-02
CED-3_9	0.87	3.1e-02	1.20	1.7e-03	1.10	4.8e-03	1.30	1.1e-03	0	0
CEP97	1.20	1.5e-03	1.90	1.0e-06	2.10	4.4e-08	1.90	5.0e-07	2.80	2.6e-14	0
CGR-1	0	1.60	1.1e-02	1.50	1.7e-02	0	0	2.10	2.1e-03
CHC1	1.80	4.1e-03	1.70	5.0e-03	1.40	2.5e-02	1.40	3.0e-02	0	0
CHO1_1	-4.90	3.3e-11	-5.20	3.0e-11	-6.00	2.0e-13	-5.50	2.2e-12	0	0
CHS-2	1.90	1.2e-04	2.10	2.3e-05	0	1.20	2.4e-02	2.20	4.8e-06	0
CLCN2	-2.30	1.8e-07	-2.70	4.5e-08	-2.30	1.5e-06	-3.00	1.5e-09	0	0
CLE4D	0	-2.80	2.5e-02	0	0	0	0
CLHM-1	-4.40	8.7e-09	-4.10	1.6e-05	-6.90	8.6e-06	-4.90	1.9e-06	0	0
CLIPD1	-2.70	2.7e-05	-3.80	1.4e-08	-2.00	2.7e-03	-2.30	5.6e-04	-2.40	3.6e-04	0
CMD1	-1.20	5.0e-02	0	0	0	0	0
CNB1	-1.70	4.6e-04	-1.20	2.5e-02	-1.20	2.0e-02	-1.10	3.4e-02	0	0
CNI1	0	0	0	0	1.00	4.4e-02	0
CNOT9	0	0	0	0	1.90	3.0e-05	0
CNT-2	0.96	5.0e-02	1.20	8.3e-03	1.60	2.9e-04	1.50	1.3e-03	1.10	2.2e-02	0
COA4	-6.60	1.0e-12	-7.10	4.1e-12	-7.40	1.6e-12	-6.00	6.5e-10	0	0
COL4A3	4.50	1.3e-04	3.20	1.2e-02	3.70	2.6e-03	4.00	1.0e-03	2.90	2.5e-02	0
COQ-4	0	0	0	0	-0.71	1.3e-02	0
COX5A	0	0	-1.80	5.3e-04	-1.80	4.0e-04	0	1.30	4.1e-02
CPB-1_2	2.90	4.1e-06	3.40	1.2e-07	3.90	3.6e-10	4.10	6.6e-11	2.50	1.2e-04	0
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CRIP1	-1.40	1.1e-02	-1.30	1.8e-02	-1.70	1.4e-03	-1.90	5.9e-04	0	1.90	7.8e-04
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CYP3A4	-6.80	1.1e-16	-5.90	1.5e-12	-4.90	8.8e-09	-4.80	1.6e-08	0	0
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DCHS1_2	-2.40	4.1e-03	-3.80	1.1e-04	-5.00	1.5e-05	-3.30	3.7e-04	0	0
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DDX1_1	0	0	0	0	-1.00	2.3e-03	0
DDX4_6	2.00	4.2e-04	2.60	2.7e-06	3.10	1.9e-08	3.10	1.6e-08	0	0
DET1	0	1.70	6.6e-03	1.80	3.6e-03	2.00	1.6e-03	0	0
DHP2	0	0.72	3.4e-02	0	0	0	2.20	1.0e-12
DHS-20	2.20	4.6e-04	2.10	6.7e-04	1.90	1.7e-03	1.70	5.8e-03	0	2.40	3.5e-04
DIF1_2	2.00	1.9e-05	1.90	2.0e-04	2.20	8.5e-06	2.10	2.3e-05	4.80	2.9e-28	1.40	4.3e-02
DIG-1_1	0	-1.40	3.3e-02	-1.90	2.9e-03	-1.50	2.5e-02	0	0
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DLAT1	1.30	6.8e-03	1.80	2.5e-04	0	0	0	0
DLL4_1	1.60	6.3e-04	2.80	7.9e-10	3.40	3.4e-14	3.40	8.4e-15	0	0
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